Der SC Preußen 06 e.V. Münster unterscheidet zwischen der ersten Mannschaft, der YOUNGSTARS-Abteilung und der Traditionself. Die erste Mannschaft vertritt den Verein im Profifußball und spielt seit der Saison 2011/2012 in dritten Liga.
Erste Mannschaft
Die erste Mannschaft der Preußen spielt in der dritten Liga und wird von Pavel Dotchev trainiert. Im Training der Profimannschaft wirken immer wieder junge Talente aus der U23 sowie aus der U19 mit.